《火影忍者究极风暴3》的按键操作如下：
1. 电脑版：J是近战攻击，能够移动攻击敌人并改变敌人的朝向，并打破其集气，注意在不同的人物有不同的技能特效，像普通抓取再连接j可以是连续的战斗连击，或是打击破防后的背后攻击；L是使用查克拉的力量向空中扩散或释放奥义等特技动作。对于其他特殊动作，比如键盘左上角的键盘Esc键，在按O键后会切换到游戏的详细设置。按F和J可以进行联手奥义（鸣人奥义属于忍术流终极技），连续击摁小键盘Enter可以叫替身；而在小地图中使用Ctrl加A会追踪敌人在小地图上显示的位置。另外，游戏还支持手柄操作。
2. PS版：十字键是闪避攻击方向，而闪避需要结合冲攻击操作能快速防御某些人的普攻小招式且即时降低其气势便于对拳中变化调整空间位置和压制打法操作方向、临场瞬间改挥攻击的巧妙能力以及为了反空中格攻垫步动作的升级选择支援形式的方式增加可拆格出拳的运用多变、或者对付下攻蹭连击时机跃起重击等的进阶判定玩法。“◯（有底线的那个按钮）”对应手柄是组合键的攻击出招援护强力一击/爆气后的重拳轻拳的攻击；“△”对应为替身术的操作；“O”键则是奥义；“X”键用于投技或者攻击结合闪避效果移动距离位移时挥动形态或压制于后方乃至起身的操作等等；“□”为集气聚气防御按键等；左摇杆移动闪避或者奔跑，右摇杆推动闪避躲开敌手进攻方向和冲刺操作等等。对于变身连携技的运用规则要求更重视各代火影角色的协作与援护，支持二人联手出击连击追加变化战术的运用方式，援护连携是重点核心所在，灵活切换人物出手时间衔接配合好援护攻击时机。至于奥义终结动作的使用，需要玩家在集气后配合队友一起使用。玩家需要灵活运用各种按键组合来施展出不同的招式和技能，以战胜对手。
以上是关于《火影忍者究极风暴3》的按键操作介绍，玩家可以根据自己的需求进行选择和应用。